浙江大学医学院附属儿童医院消化专科作为是国内最早建立的小儿消化专科，科室已形成了集专科病房、专科门诊、胃肠内镜、胃肠动力、消化实验室和临床营养管理为一体的专业体系，拥有一支整体技术实力雄厚的团队，主任医师5名、副主任医师4名、主治医师6名、硕士生导师2名；医学博士4名，另有胃镜室专职护师、胃肠动力室专职医师、消化实验室专职技师各1名和18名训练有素的护理人员，目前有专科床位50张，年收治病人2500余例/年，消化内镜诊疗4000余例/年。

科室小儿消化系统疾病的诊治水平达国内领先，并在全国率先开展儿童胃肠镜诊断和治疗、消化道动力检查和治疗，小儿经皮肝穿刺技术、胶囊内镜、肠外营养和肠内营养治疗等项技术，对儿童消化系统建立一系列成熟的诊断和治疗(包括营养治疗)方案，成功救治大量疑难重危病儿。科室开展常规电子胃镜检查、电子结肠镜检查、电子小肠镜、胶囊内镜、胃息肉高频电凝摘除、结肠息肉高频电凝摘除、消化道出血止血(包括喷洒、套扎、硬化剂注射、钛夹)、消化道异物钳取、胃扭转复位、食道狭窄扩张、消化内镜下置管术、食管支架置入、食管支架取出、经皮内镜下胃(空肠)造瘘、24小时胃pH测定、食道动力测定、下消化道动力测定、小儿经皮肝穿刺技术、13C-尿素呼吸试验(诊断幽门螺杆菌感染的非创伤性方法)、功能性便秘生物反馈治疗、住院病人临床营养管理等治疗技术。